|
|
Předzpracování obrazu 1D gelové elektroforézy
Jaroš, Luboš ; Škutková, Helena (oponent) ; Vítek, Martin (vedoucí práce)
Gelová elektroforéza je metoda sloužící k separaci a analýze makromolekul, které mají elektrický potenciál. Tato metoda je hojně používaná v mnoha odvětvích vědy a medicíny, avšak trpí na různá zkreslení obrazu. Bakalářská práce nejprve popisuje různé druhy zkreslení a existující metody pro detekci drah a bandů v gelové elektroforéze. Jádro práce představuje novou metodu detekce jednotlivých drah a předzpracování obrazu gelové elektroforézy založenou na výpočtu směrodatné odchylky z horizontální segmentace obrazu, implementovanou v prostředí Matlab. Úspěšnost navržené detekce drah je 96,7 % z testovaných 35 obrazů gelové elektroforézy. Následuje detekce bandů z vertikálního profilu a vykreslení binárního obrazu, který může být použit k další analýze. Přestože není detekce bandů plně automatizována, lze vhodným nastavením dosáhnout úspěšnosti 86,4 %.
|
|
|
Mobile application for electrophoretic gel image processing
Mojžišová, Anna
This paper describes a mobile application thatassists in the analysis of 1D gel electrophoresis images. It providesfunctions for image processing, band detection, lane segmentation,and molecular weight approximation. The designed methods wereextensively tested using a dataset of diverse gel images. Theapplication provides a convenient and portable tool for theanalysis of electrophoresis images on-the-go.
|
|
|
Mobile application for electrophoretic gel image processing
Mojžišová, Anna ; Čejková, Darina (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
The analysis of 1D gel electrophoresis images is a crucial step in molecular biology research, as it allows the identification and quantification of proteins, DNA fragments, and other molecules of interest. However, the traditional analysis process can be time-consuming and requires specialized software and equipment. This paper presents a novel solution to this problem by introducing a mobile application that assists in the analysis of 1D gel electrophoresis images. The application provides a user-friendly interface and a set of powerful tools for image processing, band detection, lane segmentation, and molecular weight approximation. The designed methods were extensively tested using a dataset of diverse gel images, and the results show that the application can accurately and efficiently analyze electrophoresis images. The portability of the application allows researchers to perform analyses on the go, reducing the time and cost associated with traditional analysis methods. This mobile application provides a convenient and practical tool for researchers and clinicians alike, making the analysis of electrophoresis images more accessible and efficient.
|
|
|
Předzpracování obrazu 1D gelové elektroforézy
Jaroš, Luboš ; Škutková, Helena (oponent) ; Vítek, Martin (vedoucí práce)
Gelová elektroforéza je metoda sloužící k separaci a analýze makromolekul, které mají elektrický potenciál. Tato metoda je hojně používaná v mnoha odvětvích vědy a medicíny, avšak trpí na různá zkreslení obrazu. Bakalářská práce nejprve popisuje různé druhy zkreslení a existující metody pro detekci drah a bandů v gelové elektroforéze. Jádro práce představuje novou metodu detekce jednotlivých drah a předzpracování obrazu gelové elektroforézy založenou na výpočtu směrodatné odchylky z horizontální segmentace obrazu, implementovanou v prostředí Matlab. Úspěšnost navržené detekce drah je 96,7 % z testovaných 35 obrazů gelové elektroforézy. Následuje detekce bandů z vertikálního profilu a vykreslení binárního obrazu, který může být použit k další analýze. Přestože není detekce bandů plně automatizována, lze vhodným nastavením dosáhnout úspěšnosti 86,4 %.
|
|
|
Změny proteinového profilu v průběhu sladování ječmene
Šopíková, Martina ; Mazanec,, Karel (oponent) ; Bobáľová,, Janette (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá studiem změn proteinového profilu ječmene během procesu sladování. Podstatná část práce se věnuje proteomické identifikaci ječných proteinů, které se během sladování mění, stávají se stabilnějšími a v konečném důsledku ovlivňují vlastnosti piva (např. pěnu a zákal). Jako vzorek byl použit ječmen odrůdy Jersey. V literární části jsou uvedeny obecné informace o pivu, o procesu jeho výroby s popisem důležitých surovin pro výrobu a informace o sladovnickém ječmeni a procesu sladování. Dále jsou popsány použité metody separace proteinů (1D a 2D gelová elektroforéza), hmotnostní spektrometrie MALDI TOF/TOF a její využití k analýze a identifikaci proteinů, použití matric a způsoby přípravy vzorků. V experimentální části byla provedena optimalizace dávkování vzorku pro 1D gelovou elektroforézu a optimalizace vizualizace. Nejlepší výsledky byly dosaženy u 15 % TRIS-HCl gelu, který byl obarven barvivem Commassie Brilliant Blue G-250. Pro ilustraci změn byla provedena i 2D gelová elektroforéza. Pomocí metody peptidového mapování a MS/MS byly identifikovány ječné proteiny – protein Z, -amylasa subtilisin inhibitor, -amylasa a peroxidasa. Byla provedena analýza intaktních proteinů, která byla zaměřena na sledování změn u významného proteinu ječmene LTP 1.
|
host ::
RSS.